2026 종부세 합산배제·과세특례 9월 30일 마감, 신청 대상과 주의사항

종합부동산세 대상 주택이나 토지를 보유하고 있다면 9월 30일을 그냥 넘기기 전에 확인해야 할 것이 있습니다.

 

2026년 종합부동산세 합산배제 신고와 과세특례 신청 기간이 9월 16일부터 9월 30일까지이기 때문입니다. 대상자가 기간 안에 신청하면 올해 11월 종부세 정기고지 때 일부 부동산이 과세대상에서 빠지거나, 일정 요건에 따라 1세대 1주택자 계산방식을 적용받을 수 있습니다.

 

국세청은 올해 혜택 적용이 예상되는 납세자 약 4만8천 명에게 안내문을 발송했습니다. 다만 부동산 종류와 보유 형태에 따라 적용 요건이 서로 다르기 때문에 단순히 ‘집이 두 채다’, ‘임대주택을 가지고 있다’는 이유만으로 자동 적용되는 것은 아닙니다.

 

합산배제와 과세특례는 무엇이 다를까?

두 제도는 이름이 비슷하지만 적용 방식에는 차이가 있습니다.

구분	핵심 내용
합산배제	일정 요건을 충족한 주택·토지를 종부세 과세대상 합산에서 제외
1세대 1주택 과세특례	주택을 추가로 보유하더라도 일정 조건을 충족하면 1세대 1주택자 계산방식 적용
세율 적용 주택 수 특례	특정 주택을 종부세 세율 계산 시 주택 수에서 제외

 

합산배제 대상에는 일정 요건을 갖춘 임대주택, 사원용주택, 일부 미분양주택·멸실예정주택, 주택신축용 토지 등이 포함됩니다. 예를 들어 합산배제 요건을 충족한 임대주택은 신고하면 주택분 종부세 과세표준에 합산하지 않습니다.

 

핵심은 주택을 보유하고 있다는 사실보다 2026년 6월 1일 과세기준일 현재 어떤 종류의 주택을 어떤 조건으로 보유하고 있었는지입니다.

 

일시적 2주택·상속주택도 1주택 특례를 확인하세요

실수요자가 특히 확인할 부분은 1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 특례입니다.

 

대표적인 대상은 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택 등입니다. 과세기준일인 2026년 6월 1일 현재 요건을 충족한 주택을 함께 보유하고 있다면 신청을 통해 1세대 1주택자 계산방식을 적용받을 수 있습니다.

 

일시적 2주택은 기존 주택을 처분하기 전에 새 주택을 취득해 일시적으로 2주택이 된 경우로, 원칙적으로 신규주택 취득일부터 3년 안에 종전주택을 양도해야 하는 요건이 있습니다. 이 요건을 충족하지 못하면 경감받았던 세액과 이자상당가산액이 부과될 수 있어 주의해야 합니다.

 

상속주택은 과세기준일 현재 상속개시일부터 5년이 지나지 않았거나, 상속지분이 전체 주택지분의 40% 이하인 경우 등 법에서 정한 조건을 충족하면 특례 대상이 될 수 있습니다. 상속지분에 해당하는 공시가격 기준도 별도로 적용되므로 자신의 상황을 정확히 확인하는 것이 중요합니다.

 

지방 저가주택이라고 모두 종부세 주택 수에서 빠지는 것은 아닙니다

‘지방에 있는 저가주택이면 무조건 제외된다’고 이해하면 안 됩니다.

 

2026년 기준 1세대 1주택 특례와 관련한 지방 저가주택은 공시가격 4억 원 이하인 주택 1채를 기본으로 하며, 소재지역 요건도 함께 충족해야 합니다. 수도권에서도 경기 가평군·연천군, 인천 강화군·옹진군 등 일부 지역이 포함되고, 수도권 밖에서는 지역에 따라 적용 범위가 달라집니다.

 

따라서 매입가격이나 현재 시세만 보고 판단하기보다는 공시가격과 소재지역, 보유주택 수를 함께 확인해야 합니다.

 

부부 공동명의 1주택자는 신청 전 모의계산이 중요합니다

부부가 집 한 채를 공동명의로 보유하고 있다면 공동명의 1주택자 특례도 확인할 필요가 있습니다.

 

특례를 적용하지 않으면 부부가 각각 납세의무자가 되고 각각 9억 원의 공제를 적용받습니다. 반면 공동명의 1주택자 특례를 적용하면 한 사람을 납세의무자로 정하고 12억 원 기본공제와 연령·보유기간에 따른 세액공제를 적용할 수 있습니다. 연령·보유기간 세액공제는 합산해 최대 80%까지 가능합니다.

 

특히 2026년부터는 부부의 지분율과 관계없이 공동소유자 간 합의로 납세의무자를 정해 신청할 수 있습니다.

 

다만 공동명의 특례가 모든 사람에게 유리한 것은 아닙니다. 주택 공시가격, 소유자의 나이와 보유기간 등에 따라 각각 9억 원씩 공제받는 방식이 유리할 수도 있기 때문입니다.

 

국세청도 신청 전 홈택스나 손택스의 종부세 모의계산을 이용해 특례 적용 여부에 따른 세액 차이를 비교할 것을 안내하고 있습니다.

 

 

예전에 신청했다면 매년 다시 할 필요는 없을까?

기존에 합산배제나 과세특례를 신청했고 신고 내용에 변동이 없다면 일반적으로 다시 신청하지 않아도 계속 적용됩니다.

 

하지만 소유권이나 면적이 바뀌었거나 임대등록이 말소된 경우처럼 기존 요건에 변화가 생겼다면 이야기가 달라집니다.

 

특히 임대주택이 합산배제 요건을 더 이상 충족하지 못하는데도 그대로 두면 이후 감면받은 종부세와 이자상당가산액이 추징될 수 있습니다. 임대료 증액 제한 등 사후요건도 함께 확인해야 합니다.

 

홈택스에서는 대상 여부와 예상 세액도 확인할 수 있습니다

국세청은 홈택스에서 미리채움 서비스, 임대주택 합산배제 자가진단, 종부세 모의계산 등을 제공하고 있습니다.

 

홈택스 로그인 후 화면 하단의 ‘세무 업무 가이드맵(Map) → 종합부동산세’ 메뉴를 이용하면 관련 신고·신청과 모의계산 메뉴를 확인할 수 있습니다.

 

종부세는 주택 가격뿐 아니라 명의, 주택 수, 취득 시점, 상속 여부, 지역, 보유기간 등 여러 조건이 함께 적용됩니다. 따라서 인터넷에 있는 다른 사람의 사례만 보고 자신에게 같은 결과가 나온다고 단정하기보다는 홈택스 계산 결과와 공식 안내를 확인하는 편이 안전합니다.

 

 

마무리

2026년 종합부동산세 합산배제와 과세특례 신고·신청은 9월 30일까지입니다.

 

임대주택이나 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택을 가지고 있거나 부부 공동명의로 1주택을 소유하고 있다면 자신의 보유 형태가 특례 대상에 해당하는지 한 번 확인해볼 필요가 있습니다.

 

특히 기억해야 할 내용은 세 가지입니다.

 

9월 30일까지 신청해야 한다는 것, 기존 신청 내용에 변동이 없다면 다시 신청하지 않아도 되는 경우가 있다는 것, 그리고 특례가 무조건 세금을 줄여주는 것은 아니므로 모의계산을 먼저 해보는 것이 좋다는 것입니다.

 

11월 종부세 고지서를 받은 뒤 확인하기보다 신고·신청 기간 안에 자신의 조건을 점검해두는 것이 가장 확실합니다.

 

 

참고자료 및 출처

• 국세청, 「종합부동산세 합산배제와 과세특례를 신고·신청하세요」 국세청 공식 보도자료
• 국세청, 「합산배제 및 과세특례 신고」 안내 국세청 종합부동산세 안내 페이지

참고 안내문

이 글은 정보 제공을 목적으로 작성한 참고용 자료입니다. 세법과 적용 요건은 개인의 주택 보유 형태와 상황에 따라 달라질 수 있으며 관련 제도도 변경될 수 있습니다. 실제 신고나 세금과 관련한 중요한 결정을 하기 전에는 국세청·홈택스 등 최신 공식 자료를 다시 확인해 주세요.